Свой первый матч нарынский "Дордой" провел 3 марта 1997 года - в матче открытого зимнего первенства Бишкека команда выиграла со счетом 1:0 у "Алги-ПВО", которая в том сезоне стала серебряным призером чемпионата КР.
Первый состав команды был составлен из игроков юношеского клуба "Семетей" (Бишкек). Стоит заметить, что в команде до сих пор играет футболист из самого первого состава – защитник Талант Самсалиев.
Основавший новый клуб крупный бизнесмен Аскар Мааткабылович Салымбеков - человек прагматичный, поэтому начал "Дордой" с первой лиги. В своем первом сезоне "Дордой" сумел занять 8 место.

Сезон-1998 стал для "Дордоя" знаковым - команде удалось добиться права выступать в высшей лиге чемпионата Кыргызстана. "Дордой" объединился с командой Института Физической культуры и выступал под названием "Дордой-Жаштык-СКИФ".
В первой лиге тогда выступали 12 команд. "Дордоевцам" удалось финишировать третьими, лишь незначительно отстав от "Динамо-Азия-Караван" (Бишкек) и КРЛ "Динамо" (Беловодское), которые позже отказались от борьбы за выход в высшую лигу. А "Дордою" в матчах с неудачниками высшей лиги доказать свою состоятельность и завоевать путевку наверх.

1999 год стал первым для "Дордоя" в высшей лиге чемпионата Кыргызстана. И дебютант сходу сумел выпрыгнуть на 5 место из 12 участвующих в первенстве команд.

Год спустя команда оказалась на 6 месте. Однако чемпионат страны-2000 вошел в историю клуба - в составе "Дордоя" появился форвард Замирбек Жумагулов, который на сегодняшний день является самым результативным футболистом Кыргызстана за период с 1992 по 2006 годы (кстати, коренной нарынчанин).

В 2001 году в команду пришел защитник Руслан Сыдыков, который на протяжении последних лет является бессменным капитаном команды. В этом чемпионате «Дордой» впервые в своей истории вошел в тройку призеров национального первенства.

Свой бронзовый успех нарынчане повторили и в два последующих сезона – 2002 и 2003.

В 2004-м клуб получил приставку в названии – «Дордой-Динамо».
Его возглавил опытнейший тренер Борис Подкорытов, который за свою карьеру поработал и за рубежом – в Алжире и Казахстане. Специалист пригласил в команду целую группу опытнейших футболистов, составлявших тогда костяк национальной сборной страны. С первых же матчей стало ясно, что «Дордой» станет главным претендентом на золото национального чемпионата. Так и вышло. Нарынчане опередили столичных армейцев, несколько лет никого не пускавших к золотым медалям, на 5 очков!
А в финале Кубка республики «Дордой» уверенно обыграл «Алай».

Сезон 2005 года начался с первого в истории "Дордоя-Динамо" выступления на Кубке чемпионов Содружества. С минимальным счетом были проиграны матчи "Каунасу" (1:2), "Пахтакору" (0:1). А вот в матче с чемпионами Грузии нарынчане сумели добиться волевой ничьей – они сумели отыграться, проигрывая по ходу встречи 0:2.
Однако, в начале года в талдыкурганский "Жетысу" ушел тренер Борис Подкорытов. "Дордой" остался на Михаила Тягусова, несколькими годами ранее приведшего нарынчан к их первым медалям национального первенства.
Команда очень уверенно выступила в турнире с участием чемпионов ряда стран Азии - Кубке президента АФК, дойдя до финала.
Чемпионат-2005, как и предыдущий, прошел под знаком противостояния двух команд - "Дордоя-Динамо" и столичного СКА. В октябре, перед последним, решающим туром чемпионата, в команду вернулся Борис Подкорытов. В очном поединке с армейцами его подопечным достаточно было просто не проиграть. Однако "дордоевцы" уступили, и судьбу чемпионского титула решал "золотой матч". В этом драматическом поединке шансы вырвать победу были у обеих команд. Победителя не выявило ни основное, ни дополнительное время. Все решили одиннадцатиметровые удары. В серии пенальти удача была на стороне "Дордоя.
В финале Кубка нарынчане с минимальным счетом 1:0 обыграли "Жаштык-Ак-Алтын".

В 2006-м команда прошла всю дистанцию национального чемпионата лишь с одним поражением. Однако, как и год назад, звание чемпиона было разыграно в золотом матче – теперь соперником нарынчан стал кантский «Абдыш-Ата». В этом поединке победителем вышел «Дордой-Динамо», которому для победы хватило всего одного забитого мяча.
В финале Кубка «Дордой» не оставил камня на камне от карасуйского «Жаштыка-Ак-Алтына».
Однако главная победа сезона, безусловно, - выигрыш Кубка чемпионов АФК, первого континентального трофея команды.

Не испытал особых трудностей с выигрышем золотых медалей чемпионата Кыргызстана «Дордой» и в 2007 году. Он опередил «Абдыш-Ату» на 9 очков. Однако в Кубке страны кантовчане сумели дважды обыграть нарынчан 1:0, выбив «Дордой-Динамо» на стадии ¼.
Тем не менее, команда второй год подряд выиграла финал Кубка президента АФК, доказав, что прошлогодний успех не был случайностью.

История продолжается!